四歳の時に父を旗本奴に殺された六維了助は、育ての親・三吉も明暦の大火で亡くしてしまう。それ以来、一人で生きていくために深川で芥運びをしつつ、自我流で木剣の腕を磨いていた。
ある事件をきっかけに水戸光國から木剣の腕に目をつけられた了助は、幕府隠密の組織「拾人衆（じゅうにんしゅう）」に引き入れられる。「拾人衆」とは、捨て子のうち、特別な才能を持つ者を集め、諜者として育てる組織だった。
了助は、様々な能力に長けた拾人衆の仲間たちとともに、江戸を焼いた「明暦の大火」が幕府転覆を目論む者たちによる放火だったのではという疑惑を追うが――

明暦の大火で炎に飲まれ、焦土と化した町。
そこから復興せんとする江戸を舞台に、新しい諜報絵巻が、いま始まる！